構型這個概念是指一個有機分子中各個原子特有的固定的空間排列。這種排列不經過共價鍵的斷裂和重新形成是不會改變的。構型的改變往往使分子的光學活性發生變化。蛋白質的構型就是一級結構，指其氨基酸排列順序。 測定蛋白質的構型的主要有兩種方法：Edman降解（Edman degradation）和質譜法。
EDMAN降解法測序是經典的方法，通過從多肽鏈游離的N末端（或者C末端，但是很少）測定氨基酸殘基的序列的過程。N末端氨基酸殘基被苯異硫氰酸酯修飾，然后從多肽鏈上切下修飾的殘基，現在一般都是自動測序儀。
質譜法測蛋白只要是利用生物質譜儀，比如ESI-Q-TOF，ESI-IT-Obitraq。利用特異的酶將蛋白切成肽段，然后通過質譜方法進行測定，產生數據或通過重頭比對，或者通過生物信息學中數據庫搜索的方法推斷出肽段序列，然后再由肽段序列拼接處蛋白序列。這種方法是近些年來隨著蛋白質組學的發展而廣泛被使用，但是對于蛋白完整序列測定需要較強的生物信息學技術。
整體而言，EDMAN降解法準確，但是耗時長，而且對于所測定的肽段要求很高，不能太長，不能太難修飾等等，一般能測個20-50堿基不錯了。而質譜法方法快速，但是準確性比EDMAN降解法略差。
另外，樓主講的蛋白功能測定，不同的蛋白質功能各異，蛋白功能主要通過生物學實驗反復驗證次得到，這個比較復雜，沒有固定的模式，要逐一研究。
另外，像核磁儀可以用來研究蛋白的構象或者說晶體結構，表面等離子共振儀器可以用來研究蛋白蛋白相互作用，等等，蛋白質是未來有限的生物研究資源，現在對蛋白質的研究熱情都很高。也有許多相關的基礎科教書，樓主感興趣可以去看看。
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